"La grande citadelle" la plus ancienne du Maroc, une étape importante de la route des Almohades. Les textes médiévaux attribuent l'urbanisation et la fortification de Ksar el-Kébir (anciennement connue sous les noms de Ksar Ketama, Ksar Sanhaja, etc.), aux califes almohades. De tous temps, Ksar el-Kébir a accueilli érudits, mystiques, réfugiés d'Al-Andalus et de l'Algarve. Ibn Ghalib, originaire de Silves, s'y installe et y fait venir plusieurs disciples d'Ibn al-Arif, grand mystique d'Alméria. À sa mort (entre 1177 et 1183), Ibn Ghalib est déclaré Saint-Patron de la ville; Fatima al-Andalusiyya, autre mystique originaire de l'Algarve, est considérée comme la seconde sainte de Ksar el-Kébir.
Après la reconquête chrétienne, les habitants de Santarem, Evora, Alcacer de Sal et Silves y trouvent refuge.
La ville a fait partie de l'ancien Maroc espagnol jusqu'en 1956 à l'indépendance.
Elle est célèbre à cause de la bataille des Trois Rois près de l'oued El-Makhazen, qui eut lieu à proximité le 4 août 1578. Cette bataille est dite des Trois Rois car le roi du Portugal, Sébastien Ier du Portugal, allié à Mohamed al-Moutawakil, ex-roi et prétendant au trône du Maroc, tenta de renverser le sultan du Maroc, Abu Marwan Abd al-Malik. Les cavaliers du sultan au nombre de 50 000 anéantirent les troupes ibériques. Abd el-Malik, Mohamed al-Moutawakil et Sébastien sont tués. Le corps du roi de Portugal ne sera jamais retrouvé. Philippe II d'Espagne prend possession du Portugal, tandis que le frère du sultan Ahmed al-Mansur Saadi monte sur le trône chérifien